В. М. Алпатов награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени
Указом Президента РФ «О награждении государственными наградами Российской Федерации» от 5 февраля 2024 г. за большой вклад в развитие отечественной науки, многолетнюю плодотворную деятельность и в связи с 300-летием со дня основания Российской академии наук медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени награжден академик РАН Владимир Михайлович Алпатов.